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学术报告
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  报告人:赵方庆 

  报告题目:Computational methods in exploring microbiomes in novel environments 

  时间:728日 上午9:30 

  地点:北楼视频会议室 

  报告人简介:赵方庆博士 研究员。2001年获青岛海洋大学海洋生物学、计算机技术及其应用专业学士学位。2006年获中国科学院海洋研究所博士学位,研究方向为海洋微藻的进化基因组学。在此期间获得了中国科学院院长特别奖(2006),中国科学院优秀博士论文(2007),国家海洋科学技术奖一等奖(2012)2006年月至2010年底在美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学研究中心,从事计算生物学和基因组学的研究工作。201010月被中国科学院北京生命科学研究院聘为百人计划研究员,研究方向为计算基因组学。 现为中国科学院北京生命科学研究院计算生物学联合研究中心秘书长。2012年获得中国科学院科技创新交叉与合作团队计划的资助,成立了计算基因组学交叉合作团队。近五年来,一直围绕着高通量组学数据分析、算法开发和进化基因组学等科学问题开展研究工作。目前承担国家自然科学基金3项,中科院知识创新工程资助课题1项和中科院院长特别奖基金1项。目前,以第一作者或通讯作者身份在生物信息学和基因组学领域国际刊物发表学术论文40余篇。 

  近期代表性论文 

  1.      Zhang Y, Ji P, Wang J & Zhao F. RiboFR-Seq: a novel approach to linking16S rRNA amplicon profiles to metagenomes. Nucleic Acids Res, 2016, doi:10.1093/nar/gkw165. 

  2.      Gao Y, Wang J, Zheng Y, Zhang J, Chen S & Zhao F. Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing events in circular RNAs. Nature Communications, 2016, in press. 

  3.      Zhao H & Zhao F. Break Seek: a breakpoint-based algorithm for full spectral range INDEL detection. Nucleic Acids Res,2015, 43 (14):6701-6703. 

  4.      Gao Y, Wang J & Zhao F. CIRI: an efficient and unbiased algorithm forde novocircular RNA identification. Genome Biology, 2015, 16:4. 

  5.      Ye N, Zhang X, Miao M, Fan X, Zheng Y, Xu D, Wang J, Zhou L, Wang D, Gao Y, Wang Y, Shi W, Ji P, Li D, Guan Z, Shao C, Zhuang Z, Gao Z, Qi J & Zhao F. Saccharinagenomes provide novel insight into kelp biology. Nature Communications, 2015, 6: 6986. 

  6.      Wang J, Gao Y & Zhao F. Phage-bacteria interaction network in human oral microbiome. Environmental Microbiology,2015, DOI: 10.1111/1462-2920.12923. 

  

生物资源与生物技术研究中心 

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