中国科学院沈阳应用生态研究所(前身中国科学院林业土壤研究所)成立于1954年，是以林业、土壤、植物、微生物与环境科学为基础的综合性应用生态学研究机构。现有高级科技人员190人，其中项目首席科学家2人，国家杰出青年基金获得者2人，国家优秀青年基金获得者10人。 

　　该所针对现代农林业可持续发展、生态与环境建设中亟需解决的国家重大科技问题，面向国民经济主战场，瞄准国际应用生态学发展前沿，在森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程、污染生态与环境生态工程领域开展基础性、战略性和前瞻性研究，完善和创新应用生态学研究理论、方法和技术体系；聚焦退化生态系统恢复-重建与生态安全、黑土地保护-利用与粮食安全、污染环境治理-改善与低碳绿色发展，为东北工农业现代化和新型城镇化提供生态与环境保障，为生态文明-美丽中国建设提供科技支撑。 

　　研究所下设土壤养分管理国家工程实验室（共建）、污染土壤生物-物化协同修复技术国家地方联合工程实验室、中国科学院森林生态与管理重点实验室、中国科学院污染生态与环境工程重点实验室、辽宁省陆地生态过程与生态安全重点实验室、辽宁省节水农业重点实验室、辽宁省生态公益林管理重点实验室、辽宁省植物资源保护利用重点实验室、辽宁省土壤环境与农产品安全重点实验室；拥有中国科学院长白山森林生态系统定位研究站（国家野外观测站、CERN重点站），中国科学院沈阳生态实验站（国家野外观测站、CERN重点站），中国科学院会同森林生态实验站（国家野外观测站、CERN重点站），中国科学院清原森林生态实验站（国家野外观测站、CERN重点站），乌兰敖都荒漠化实验站（国家林业局荒漠化监测中心之一），大青沟生态研究站，额尔古纳森林草原过渡带生态系统研究站，沈阳生态植物园和东北生物标本馆与东亚苔藓研究中心。研究所是辽宁省生态学会、辽宁省植物学会、辽宁省土壤学会、沈阳市植物学会的挂靠单位；编辑出版《应用生态学报》和《生态学杂志》两个国家级核心期刊及《Ecological Processes》国际期刊。 

　　本所为1981年国务院学位委员会首批批准的博士学位点。现有生态学、农业资源与环境、生物学、环境科学与工程四个一级学科硕士、博士学位点和植物学、森林培育学两个二级学科学术型硕士学位点及资源与环境、生物与医药两个专业型硕士学位点。设有生态学和农业资源与环境两个一级学科博士后流动站。